Shinji va a visitar la instalación provisional donde esta analizando el apóstol que habían recuperado. Allí ve a su padre y descubre que en las manos tiene cicatrices de unas quemaduras que no sabia que se hubiese hecho. Ritsuko le explica que se las hizo tres semanas antes, durante la prueba de arranque del prototipo cero. El prototipo se descontrolo y se quemo al salvar a Rei, que había quedado atrapada en la carlinga. Shinji queda perplejo ante el acto inesperado de su padre. Luego ve a Rei y Gendoh, conversando con el semblante apacible, y empieza a interesarse en Rei, que esta mucho mas cerca del corazón de Gendoh que el. Entonces Rei, que ya se ha recuperado de sus heridas, vuelve a hacer la prueba de arranque y, por el momento, parece que es un éxito. ¡Sin embargo, justo entonces, el quinto apóstol. Ramiel ataca! Shinji ha salido al ataque pero Ramiel le dispara un rayo que hace impacto en el pecho del primer prototipo.

Shinji va a la habitación de Rei, porque Ritsuko le ha pedido que le lleve una cosa, y descubre las gafas en una mesa. !al darse la vuelta, se encuentra a Rei desnuda!

Rei Ayanami casi no habla con las otras personas. Solo le abre el corazón al comandante Ikari. Al ver que la chica esta mas cerca de su padre que el, Shinji esta confundido.